Sulfoniranje igra važnu ulogu u području moderne hemijske industrije i važan je korak u sintezi različitih organskih proizvoda. Široko se koristi u industriji pesticida, goriva, deterdženata i nafte. Neki lijekovi imaju nekih problema u kliničkoj primjeni zbog slabe topljivosti u vodi, kao što su mala bioraspoloživost, velika doza, sporo apsorpcija tableta ili kapsula. Nakon sulfoniranja, ovi spojevi ne samo da mogu poboljšati svoju topljivost u vodi, već i povećavaju svoju biološku aktivnost.